院徽以六角螺母、苯环为外轮廓，既象征工程领域严丝合缝、实干笃行的专业属性，也寓意学院作为连接高等教育与产业一线的核心纽带，紧扣产教融合的办学定位，呼应学院“解决真问题、真解决问题、问题真解决”的实践导向。内部以卓越工程师英文名称“Excellent Engineers”的双首字母“E”为骨架，以相拥对称的方式变形贯通为“工”字形态，既标识出卓越工程师的身份内核，也彰显了高等教育（Education）和企业实业（Enterprise）双向奔赴、校企联合的办学理念。变形贯通后的“E”亦是字母“M”的造型，既象征着厦门大学（XMU）的“M”标识意象，也寄寓了厦门市“大厦之门” 的城市意蕴，凝聚了“立足厦大、联结厦门、面向福建、辐射全国、迈向全球”的办学内涵。