院徽中心由H字母和门构成。“H”既是化学、化工拼音首写字母，又代表化学元素周期表中第一个元素。门为大厦之门，既指厦门，又指学府之门，开门办学，走向世界； “1921”指学院学科办学之起始时间；三颗星代表中国传统哲学之三才，即天然中之精神、宇宙、人类三大原素。院徽寓意学院一脉相承厦门大学之精神，学院学子追随先知前贤，走进化学世界，探索科学奥秘，和而不同，卓尔不群
