院徽中心是由大写英文字母“TW”构成的“翻开的书本”，契合本院从事台湾研究、教书育人的内涵；书页图案为大陆和台湾的轮廓，意为“两岸一家”；中间的圆点即为研究院所在地厦门；“1980”为研究院成立的年份。
