院徽中心是以厦门为中心的世界地图，体现了研究院立足厦门、放眼世界努力成为服务于地方、国家乃至世界海洋与海岸带可持续发展的科技支撑机构和国际人才培训机构。图案主体以蓝色为主色调，象征海洋科学和海洋知识，表明研究院致力于海洋与海岸带地区发展前沿领域的科学研究。院徽总体体现了研究院追求环境健康与可持续发展的宗旨。
