徽标中心以立足微观世界，放眼宏观宇宙为设计理念，用旋转的线条在四维空间伸展，构成行星轨道的形态，又像眼睛的形象，在观察宇宙、认识世界。院徽以“亦玄”名之，与中心大楼“亦玄馆”名相吻合，体现中心研究的微纳科技玄妙深奥，至微至大，与浩瀚的宇宙相同，从宏观世界入微观世界；另一角度也说明微纳技术常常应用于航天航空中，可探索了解宇宙奥秘。
