人文学院
中国语言文学系历史学系哲学系人类学与民族学系
教育部批准设立的研究机构: 厦门大学历史研究所 、 厦门大学人类学研究所 、 厦门大学中国语言文学研究所
校批机构: 厦门大学美国史研究所 、 厦门大学哲学研究所 、 厦门大学宗教学研究所 、 厦门大学传播研究所 、 厦门大学古籍研究所 、 厦门大学佛学研究中心 、 厦门大学道学与传统文化研究中心 、 陈嘉庚研究室 、 品牌与广告研究所 、 人文学院教学实验中心 、 人类博物馆 、 鲁迅纪念馆 、 道学与传统文化研究中心 、 汉语语言学研究中心 、 戏剧戏曲学与艺术学研究中心 、 东南亚华文文学研究中心 、 中国社会经济史研究中心 、 海洋考古学研究中心 、 旅游人类学研究中心 、 厦门大学知识论与认知科学研究中心
共建机构: 中国海关史研究中心
省级示范中心(福建)省级考古人类学实验教学示范中心
新闻传播学院
: 新闻学系 、 广告学系
校批机构: 传播研究所 、 品牌与广告研究所
外文学院
系(部)英语语言文学系欧洲语言文学系日本语言文学系法语语言文学系
教学部外语教学部
校批机构厦门大学日本语教育研究中心厦门大学外国语言文学研究所厦门大学口、笔译资格证书考试中心厦门大学双语词典与双语语言文化研究中心外文学院教学实验中心欧洲研究中心厦门大学国外考试中心
艺术学院
: 美术系 、 音乐系 、 设计系
校批机构: 艺术研究所 、 中国欧洲艺术中心 、 艺术教育学院教学实验中心
国学研究院
海外教育学院
系(或相当于系的实体机构)华文系
教育部批准设立的研究机构: 厦门大学海外华文教育研究所
校批机构: 对外汉语远程教育研究中心 、 日本研究所
国际学院
经济学院
经济学系统计系财政系金融系国际经济与贸易系
教育部批准设立的研究机构厦门大学经济研究所厦门大学宏观经济研究中心
国家级示范中心厦门大学经济与管理教学实验中心
国家级虚拟仿真实验教学中心厦门大学经济学科虚拟仿真实验教学中心
省、市共建研究机构: 福建经济研究中心 (省校共建)
校批机构: 厦门大学人口研究所 、 厦门大学国民经济与核算研究所 、 厦门大学财政科学研究所  、 厦门大学金融研究所 、 厦门大学社会主义经济制度研究中心 、 厦门大学特区研究所 、 厦门大学公共财政研究中心 、 厦门大学社会经济统计研究中心 、 厦门大学证券研究中心 、 厦门大学澳大利亚研究中心 、 厦门大学WTO研究中心 、 厦门大学评估研究中心 、 厦门大学兴业银行金融创新研究中心 、 厦门大学劳动经济研究中心 、 厦门大学康乃尔合作中心厦门大学中国能源经济研究中心厦门大学世界经济研究中心厦门大学水科技与政策研究中心
王亚南经济研究院
教育部重点实验室计量经济学教育部重点实验室(厦门大学)
国家级虚拟仿真实验教学中心厦门大学经济学科虚拟仿真实验教学中心
福建省重点实验室福建省统计科学重点实验室(厦门大学)
校批机构: 计量经济学研究中心 、 金融研究中心 、 中国劳动经济学与社会保障研究中心 、 中国宏观经济研究中心 、 政治经济学研究中心 、 现代统计学研究中心 、 SAS计量经济学合作中心 、 实验经济金融实验室
管理学院
系(或相当于系的实体机构)会计学系企业管理系 、 管理科学系 、 旅游与酒店管理系工商管理教育中心(MBA中心)高级经理教育中心(EMBA项目) 、 厦门大学与厦门国家会计学院会计硕士专业学位联合教育中心 、 物流与项目管理工程硕士教育中心财务学系市场学系
教育部批准设立会计发展研究中心
校批机构: 人力资源研究所 、 现代管理科学研究所 、 会计研究所 、 管理学院教学实验中心
财务管理与会计研究院
法学院
教育中心: 厦门大学法律硕士教育中心
校批机构: 国际经济法研究所 、 海洋政策与法律中心 、 民商法研究所 、 世界贸易组织(WTO)研究中心 、 法学院教学实验中心
厦门大学知识产权研究院
厦门国际法高等研究院
公共事务学院
系(或相当于系的实体机构): 政治学系 、 公共管理系 、 社会学系公共管理教育中心(MPA中心)
共建机构: 国家农村社会保险研究中心(劳动与社会保障部委托) 、 妇女/性别研究与培训基地(全国妇联共建) 、 福建女性发展研究中心(省校共建)
校批机构: 厦门大学政治学与行政学研究所 、 厦门大学公共管理与政策分析研究中心 、 厦门大学社会发展研究中心 、 公共事务学院教学实验中心 、 厦门大学政府绩效管理研究中心厦门大学新西兰研究中心
公共政策研究院
系(或相当于系的实体机构): 人口与生态研究所 、 心理学研究所
福建省批准设立的研究机构: 公共政策与地方治理协同创新中心(“省级2011协同创新中心”) 、 厦门大学公共政策与政府治理研究中心(“福建省文科重点研究基地”) 、 厦门大学公共服务质量研究中心 (“福建省社会科学研究基地”)
校批机构: 厦门大学区域发展政策研究所 、 厦门大学社会管理创新研究中心
马克思主义学院
国际关系学院
教育部批准设立的研究机构东南亚研究中心 、 (中国)厦门大学马来西亚研究所
教育研究院
教学部: 教育学公共教学部 、 教师教育部
教育部批准设立的研究机构厦门大学高等教育科学研究所厦门大学高等教育发展研究中心
校批机构厦门大学考试研究中心厦门大学高等教育质量与评估研究所教育心理学研究所
台湾研究院
教育部批准设立的研究机构厦门大学台湾研究中心
南洋研究院
教育部批准设立的研究机构东南亚研究中心 、 (中国)厦门大学马来西亚研究所
海峡两岸发展研究院
体育教学部
校批机构厦门大学国术与健身研究中心
继续教育学院
机构网络教育、成人教育职业技术教育
南海研究院
数学科学学院
: 数学与应用数学系 、 信息与计算数学系 、 概率与数理统计系
教学部: 厦门大学公共数学教学部
校批机构: 厦门大学数学研究所 、 厦门大学精算学研究中心 、 数学科学学院计算科学实验中心
物理科学与技术学院
系(或相当于系的实体机构)物理学系电子科学系天文学系 、 生物仿生及软物质研究院 、 电磁声学研究院
教育部批准设立的研究机构: 微纳光电子材料与器件教育部工程研究中心 、 柔性物质研究及应用创新引智基地
福建省批准设立的研究机构: 福建省半导体光电材料及其高效转换器件协同创新中心 、 福建省柔性功能材料重点实验室 、 福建省LED照明与显示行业技术开发基地 、 福建省等离子体与磁共振研究重点实验室 、 福建省半导体材料及应用重点实验室 、 福建省半导体照明工程技术研究中心
厦门市批准设立的研究机构: 厦门市光电信息材料与器件工程技术研究中心
校批机构: 厦门大学理论物理与天体物理研究所 、 厦门大学电子技术研究所 、 厦门大学半导体光子学研究中心 、 中国-澳大利亚功能纳米材料联合实验室
化学化工学院
: 化学系 、 化学工程与生物工程系化学生物学系
国家重点实验室固体表面物理化学国家重点实验室(厦门大学)
国家工程实验室醇醚酯化工清洁生产国家工程实验室(厦门大学) 、 新能源汽车动力电源技术国家地方联合工程实验室(厦门大学)
教育部批准设立的研究机构能源材料化学协同创新中心(厦门大学、复旦大学、中国科学技术大学、中国科学院大连化学研究所)谱学分析与仪器教育部重点实验室电化学技术教育部工程研究中心教育部物理化学研究所
国家级示范中心国家级化学实验教学示范中心
国家级人才培养基地化学学科国家理科基础科学研究和教学人才培养基地
福建省批准设立的研究机构福建省化学生物学重点实验室 、 福建省理论与计算化学重点实验室 、 福建省电化学工程技术研究中心 、 福建省纳米制备技术工程研究中心 、 福建省新能源汽车动力电池及储能关键材料工程实验室 、 福建省高校化石能源化学与化工重点实验室 、 福建省高校无机化学与功能材料重点实验室 、 福建省电镀及表面处理行业技术开发基地 、 福建省电镀及表面处理行业技术开发基地
厦门市批准设立的研究机构厦门市分子纳米技术与分析科学重点实验室 、 厦门市合成生物技术重点实验室
校批机构理论化学研究中心纳米科技中心 、 化学电源研究中心
信息科学与技术学院
计算机科学系智能科学与技术系电子工程系通信工程系
教育部批准设立的机构水声通信与海洋信息技术教育部重点实验室 、 电子信息国家级实验教学示范中心
福建省批准设立的研究机构福建省机器智能与机器人重点实验室福建省集成电路设计工程技术中心海西工业技术研究院通信工程技术中心 、 福建省无线通信接入工程中心 、 智能信息技术福建省高校重点实验室 、 集成电路设计与测试分析福建省高校重点实验室 、 福建省电子与通信工程实验教学中心 、 福建省智慧城市感知与计算重点实验室
市级实验室或工程中心: 厦门市微纳电子器件与集成重点实验室 、 厦门卫星导航研发中试基地 、 厦门市无线通信工程技术研究中心
校批机构: 厦门大学语言技术中心 、 厦门大学数字医疗技术研发中心 、 厦门大学模式分析与机器智能研究中心 、 厦门大学云计算与大数据研究中心 、 海西信息通信产业协同创新中心 、 厦门大学光电子工程技术研究中心
共建机构厦门大学智能图像与信息处理研究室 、 厦门大学-科大讯飞闽南语语音及语言联合实验室 、 厦门大学-美亚柏科网络信息安全联合实验室
软件学院
校批机构: 厦门大学软件研究与开发中心 、 软件学院教学实验中心
材料学院
材料科学与工程系生物材料系
福建省批准设立的研究机构: 福建省特种先进材料重点实验室 、 福建省特种陶瓷重点实验室 、 福建省生物医学工程重点实验室
市级实验室或工程中心: 厦门市高性能金属材料重点实验室 、 厦门市防火助燃材料重点实验室 、 厦门市生物医学工程技术研究中心
校批机构: 特种先进材料实验室 、 材料设计与应用工程研究中心生物医学工程研究中心 、 膜技术应用与推广中心 、 厦门大学生物仿生及软物质研究院
共建机构: 中国一航-厦门大学特种先进材料研究中心 、 厦门大学-日本东北大学材料设计联合实验室
建筑与土木工程学院
建筑系土木工程系城市规划系
校批机构: 建筑与土木工程学院教学实验中心
能源学院
校批机构能源研究院
福建省批准设立的研究机构福建省新能源产业技术开发基地
萨本栋微米纳米科学技术研究院
校批机构微机电中心 、 光子学中心
航空航天学院
飞行器系动力工程系机电工程系仪器与电气系自动化系
校批机构工程技术中心航空航天教育培训中心
电子科学与技术学院
电子科学系电子工程系
生命科学学院
: 生物学系 、 生物化学与生物技术系 、 生物医学科学系 、 农业生物技术系
国家重点实验室细胞应激生物学国家重点实验室
国家工程中心国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心
国家级教学示范中心生命科学学院实验教学中心
教育部重点实验室滨海湿地生态系统教育部重点实验室
教育部批准设立的研究机构分子诊断工程研究中心 、 教育部寄生动物学研究室(厦门大学)
国家地方联合工程实验室天然产物源靶向药物国家地方联合工程实验室
福建省批准设立的研究机构: 福建省医学分子病毒研究中心 、 福建省药物工程实验室
厦门市批准设立的研究机构: 厦门市医学分子病毒研究中心 、 厦门市海洋微生物新药工程技术研究中心 、 厦门市植物遗传重点实验室
校批机构厦门大学实验动物中心
药学院
: 药学系
共建机构: 两岸关系和平发展协同创新中心
教育部批准设立的研究机构: 教育部“核受体肿瘤分子靶点与药物开发”创新团队
福建省批准设立的研究机构: 福建省药学人才培养创新实验区 、 福建省药学实验教学示范中心
厦门市批准设立的研究机构: 海洋活性物质功能、质量和安全性评价技术平台 、 厦门化学创新药研发平台 、 厦门市代谢性疾病重点实验室 、 厦门市手性药物重点实验室 、 厦门市瘤细胞与分子诊疗重点实验室 、 厦门生物医药协同创新中心 、 厦门市靶点新药工程技术研究中心 、 厦门市林下中药资源工程技术研究中心 、 厦门化学创新药研发重大平台(技术支撑单位)
医学院
: 临床医学系 、 中医学系 、 护理学系 、 眼视光系
教学部: 基础医学部
福建省批准设立的研究机构: 福建省眼科与视觉科学重点实验室 、 福建省神经退行性疾病及衰老研究重点实验室 、 福建省抗癌研究中心 、 福建省基础医学实验教学示范中心 、 福建省药学实验教学示范中心
厦门市批准设立的研究机构: 海峡(厦门)中医药科技平台 、 厦门市手性药物重点实验室
校批机构: 厦门大学眼科研究所 、 厦门大学消化疾病研究所 、 厦门大学器官移植研究所 、 厦门大学附属中山医院 、 厦门大学附属东南医院 、 厦门大学附属厦门眼科中心 、 厦门大学附属东方医院 、 厦门大学附属第一医院 、 厦门大学附属成功医院 、 医学院教学实验中心 、 中医药研究中心
生物医学研究院
海洋与地球学院
: 海洋生物科学与技术系 、 海洋化学与地球化学系 、 物理海洋学系 、 应用海洋物理与工程系 、 海洋地质学系
国家重点实验室近海海洋环境科学国家重点实验室(厦门大学)
国家工程实验室海洋生物制备技术国家地方联合工程实验室
教育部批准设立的研究机构水声通信与海洋信息技术教育部重点实验室 、 厦门大学亚热带海洋研究所
国家级示范中心海洋环境科学实验教学中心
国家级人才培养基地: 海洋科学国家理科基础科学研究和教学人才培养基地
福建省批准设立的研究机构福建省海洋生物资源开发利用协同创新中心 、 福建省高校海洋化学与应用技术重点实验室 、 福建省高校海洋生物资源开发与保护重点实验室
厦门市批准设立的研究机构: 厦门市海湾生态保护与修复重点实验室
校批机构: 厦门大学海洋观测技术研发中心 、 厦门大学海洋生物多样性与全球变化实验室厦门大学海洋微型生物与地球圈层研究所
支撑体系厦门大学海洋科学综合考察船 、 厦门大学东山临海实验与观测站 、 海洋酸化影响研究中水量实验平台
环境与生态学院
环境科学与工程系生态科学与工程系
国家重点实验室近海海洋环境科学国家重点实验室
教育部批准设立的研究机构滨海湿地生态系统教育部重点实验室
福建省批准设立的研究机构福建省海陆界面生态环境重点实验室 、 福建省滨海湿地保护与生态恢复工程技术研究中心
校批机构: 环境科学研究中心
海洋与海岸带发展研究院
共建机构厦门海岸带可持续发展国际培训中心
厦门大学(深圳)研究院